巢湖近年来虽经数百亿资金投入治理，但水体富营养化状态仍未完全遏制。这是因为巢湖属人类活动频繁的大型浅水湖泊，污染源分布广，污染原因复杂，仅仅依靠点源污染控制并不能实现水环境综合改善。因此巢湖水环境应全面治理、综合治理，而生态修复是改善水体水质的有效方法之一。
修建人工湿地。对巢湖流域污染负荷较重的主要入湖河流，可以通过人工湿地生态系统修复。经过湿地植物吸附、过滤、氧化、还原以及微生物降解污染物等作用，使原污水得以净化。湿地在水源调蓄、气候调节、水质净化、物种保存等方面也发挥着重要作用，而其运行费用只有常规污水处理工艺的10％～50％。因此，建议在污水处理厂尾水入河前建立人工湿地系统，同时在主要入湖河流入湖口一段距离内 （约1～2km ） ,建造由不同生态类型水生植被构成的相互交错结构的植被群落,净化入湖水质。
修建生态沟渠。目前降低农业生产过程产生的面源污染，通常使用推广测土配方施肥技术、降低化肥使用量、提高化肥利用率、严格控制农药使用量等方法。除此之外，可以在巢湖农业生产区域修建生态沟渠，拦截农业生产过程中产生的面源污染。在种植美人蕉、铜钱草、狐尾藻、灯心草以及梭鱼草的生态沟渠中，对农业水体总氮、总磷去除率达到64％～70％，对泥沙流失也能够起到很好的拦截效果。
重建巢湖环岸生态环境。一是考虑将沿湖地势低洼、易涝、经济效益不高的农田、鱼塘等改造成人工湿地生态系统,种植芦苇、香蒲、莲藕、茭草等植物。二是修建巢湖环岸生态护坡。目前，生态护坡种类繁多，技术成熟，可以根据巢湖沿岸情况，选取合适的生态护坡类型。三是修建农田区域生态缓冲带。
生物治理内源污染。近年来，在太湖和滇池水域大水面圈养挺水植物取得一定的效果。因此，建议在巢湖周边水深小于 0.8m的水域种植芦苇、茭草等挺水植物;在深度大于0.8m的水域种植苦草、黑藻、马来眼子菜等沉水植物。并结合对巢湖风景区的开发建设,考虑在城镇沿湖或旅游区域种植莲藕等观赏性漂浮植物。
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