生态系统具有自我调节和自我维持的能力，使系统保持稳定的状态，表现出结构上的协调、功能上的和谐、输入和输出的物质和能量的平衡。当外界干扰与破坏超过了生态系统自身的调节能力时，就导致该系统生物种类和数量发生变化，生物量下降，生产力衰退，营养结构破坏，食物链关系消失，金字塔营养级紊乱，使结构和功能失调，物质循环、能量流动与信息传递受到阻碍，从而引起逆行演替，破坏了生态系统的稳定性，造成生态失调。这种外界干扰有自然的有人为的。
根据生态系统结构、功能的受损程度，可将生态失调分为三个层次：一是生态平衡失调，指生态系统功能异常而系统的结构未受损害，稳定性仍保持原有水平，发展方向未受影响，如洪涝、干旱造成作物生理暂时性的生态平衡失调。二是生态平衡破坏，指生态系统功能严重异常，结构受到一定程度的破坏，稳定性降低，发展演替方向逆转，必须在自然或人为作用下，才有可能使结构逐步恢复，如森林部分受到破坏后逐步演替恢复。三是生态平衡崩溃，指生态系统功能和结构受到彻底破坏，生物生存和繁育条件完全丧失，一般难以恢复，须经较长时间的环境进化和有效的人工控制才能逐步发展，如土地荒漠化。
造成生态平衡失调的原因是多方面的，但归纳起来可以从两个方面来阐述：自然因素造成的失调和人为因素造成的失调。
自然因素
(1)生态系统内部的原因 自然生态系统，是一个开放系统。由绿色植物从外界环境把太阳光和可溶态营养吸纳到体内，通过物质循环和能量转换过程不仅使可溶态养分积聚在土壤表层，而且还把部分能量以有机质的形态贮存于土壤中，从而不断地改造土壤环境。而改造后的环境为生物群落的演替准备了条件，生态群落的不断演替，实质上就是不断地打破旧的生态平衡。可见，物质和能量在表土中的积累，其本质就是对原平衡的破坏。生物群落的演替可以是正向演替，也可以是逆行、退化演替。如果是逆行演替，则是打破原来的生态平衡后建立更低一级的生态平衡而已，本身意味着稳态的削弱。
(2)生态系统外部的原因 由于自然因素如火山爆发、台风、地震、海啸、暴风雨、洪水、泥石流、大气环流变迁等，可能造成局部或大区域的环境系统或生物系统的破坏或毁灭，导致生态系统的破坏或崩溃。如果自然灾害是偶发性的，或者是短暂的，尤其是在自然条件比较优越的地区，灾变后靠生物系统的自我恢复、发展，即使是从最低级的生态演替阶段开始，经过相当长时期的繁衍生息，还是可以恢复到破坏前的状态的。如果自然灾害持续时间较长，而自然环境又比较恶劣，则可能造成自然生态系统的彻底毁灭，甚至是不可逆转的(如沙漠和荒漠的形成)。然而综观全局，自然因素所造成的生态平衡的破坏，多数是局部的、短暂的、偶发的，常常是可以恢复的。
人为因素
(1)人与自然策略的不一致 人类对于自然，一个共同的目标是“最大限度的获取”。所以砍光森林，开垦草原，围湖造田，乱捕滥猎，竭泽而渔等，从而造成一系列的生态失调。自然生态系统在长期发展进化中，则是不断积累能量以消除增加的熵，来维持系统自身的平衡和稳定，这种最大限度的保护策略，却经受不住人类的冲击，人类给以各种生态系统极大的影响，超越了它们的生态阈限，最终导致系统的崩溃。
(2)滥用资源 资源是人类生存的基础，也是自然生态平衡的物质基础。长期以来，人们对资源有两点错误认识：一是认为自然资源取之不尽，用之不竭；二是认为自然资源可以无条件更新。应该说，地球上蕴藏的资源的确是丰富的，但不是无限的；大部分资源被人类利用是有条件的，即使是可更新的资源也有更新的条件，更何况许多资源，消失了就不会再有，如生物物种。
人类最大限度地生产的策略自然会导致掠夺性地开发和经营，已经富有的想更加富有，贫穷的要填饱肚子，于是生活在地球上不同地区、不同国家、不同社会阶层的人共同地向大自然掠夺，导致地球上各种宝贵的资源加速耗竭，森林、草原面积的减少，不但使许多生物物种灭绝，而且直接影响到气候环境和水土流失。矿产的不当开采不但浪费了宝贵的资源而且污染了环境。对资源的滥用，使得地球各类生态系统潜伏着危机。
(3)经济与生态分离 人类有史以来，向大自然索取任何东西都是理所当然的，因而传统的经济学和经济体系中，自然界的服务不表现价值，也就是说是免费的，因而许多破坏珍贵自然资源的行为长期以来直至今天仍屡禁不止，如捕杀野生动物大象、犀牛、熊猫等，因为它们的角、牙、皮毛等可以获得暴利，采集珍贵的野生药材和植物更是一本万利。这些掠夺性的行为投入少、产出高，走私、偷猎者们可获得极高的经济效益，但整个社会却要为他们承受长远的经济和生态后果。大自然不但是人类的宝库，还是垃圾场，许多工厂排放污物，使自然界和整个社会成为容纳污染物的免费车间以获取经济效益，这种现象用生态经济的概念叫“费用外摊”。这些现象都是个人经济效益越好，社会生态效益却越坏，是经济与生态的分离而不是统一。
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